Première description depuis 1982 d’une nouvelle espèce d’oiseau au Japon, le Pouillot des Tokara

Les espèces dites cryptiques sont très difficiles (voire impossibles) à distinguer visuellement de celles qui leur sont apparentées, car elles présentent une morphologie et un plumage presque identiques, tout en étant génétiquement et évolutivement distinctes : leur conservation est donc souvent négligée, car elles passent inaperçues. Il est donc important de réussir à les identifier et de les décrire officiellement. Les îles favorisent la formation de nouvelles espèces (spéciation), tout en accentuant leur vulnérabilité aux perturbations environnementales du fait de la superficie souvent réduite de leur aire de répartition.

La famille des Phylloscopidés (pouillots) illustre particulièrement bien cette biodiversité insulaire cachée, de nombreuses espèces ayant été récemment décrites (une augmentation d’environ 50 % du nombre d’espèces reconnues depuis les années 1980) grâce à l’intégration de données morphologiques, vocales et génomiques (lire Description d’une nouvelle espèce d’oiseau en Indonésie : le Pouillot de Rote). C’est en particulier le cas dans les archipels de l’océan Pacifique occidental, dont l’avifaune reste  particulièrement peu étudiée.

Situation des îles Tokara (Japon).  Carte : Ornithomedia.com

Le Pouillot d’Ijima (Phylloscopus ijimae) mesure de 11 à 12 cm de long. Son plumage est vert olive à brun-verdâtre dessus, tandis que le dessous est blanchâtre à jaune pâle, souvent plus clair sur la gorge et sur le ventre. Ses sourcils pâles sont bien visibles. Il vit dans les forêts subtropicales humides et les zones arbustives des archipels japonais d’Izu et de Tokara, qui sont séparés d’environ 1 000 km. Les îles Tokara font partie de l’archipel des Ryukyu (lire Voyage ornithologique dans les îles japonaises d’Iriomote, d’Ishigaki et d’Okinawa, dans l’archipel des Ryukyu, du 15 au 21 mars 2017). C’est une espèce migratrice, hivernant en Asie du Sud-Est, notamment aux Philippines.  

Les populations des îles Tokara et des îles Izu sont morphologiquement très similaires et difficiles à distinguer visuellement, mais leurs chants diffèrent significativement. Il y a dix ans, des scientifiques avaient déjà constaté que les populations de ces deux archipels étaient nettement différentes, grâce à de séquences d’ADN. Cette découverte avait conduit à mener des études approfondies sur le terrain, dans des collections muséales et en laboratoire. Les analyses basées sur le génome complet (variants autosomaux,  introns et ADN mitochondrial) ont montré l’existence d’une séparation ancienne entre ces deux populations, estimée à environ 2,8 à 3,2 millions d’années, sans preuve de flux génétique récent, malgré la possibilité théorique de contact migratoire, probablement en raison d’une forte philopatrie (= fidélité au site de naissance pour la reproduction) et de leurs histoires évolutives respectives anciennes, indiquant l’existence deux lignées distinctes divergentes. 

Sur la base de critères phylogénétiques, morphologiques et comportementaux présentés dans un article publié en 2026 dans la revue PNAS Nexus, les auteurs (des chercheurs des universités suédoises d’Uppsala et de Göteborg et de deux institutions japonaises) proposent de reconnaître une espèce nouvelle, qu’ils ont nommée le Pouillot des Tokara (P. tokaraensis), tandis que celle des îles Izu conserve le nom de Pouillot d’jima. La dernière découverte d’une nouvelle espèce au Japon remonte à 1982 : il s’agissait du Râle d’Okinawa (Gallirallus okinawae) (lire La population de Râles d’Okinawa a doublé depuis 2005 grâce notamment au contrôle du nombre de mangoustes).

Pouillot d’Ijima (Phylloscopus ijimae) en hivernage sur l’île de Taïwan. Photographie : Sun Feng Lin / Wikimedia Commons

Le Pouillot des Tokara mesure de 10 à 12 cm de long, a le dos vert olive, avec le dessous plus clair ou blanchâtre, des sourcils pâles et un trait sourcilier sombre, un plumage très proche de celui du Pouillot d’Ijima. Comme chez la plupart des espèces du genre Phylloscopus, le mâle émet un chant principal, régulier et typique, et un chant secondaire, plus variable et moins fréquent. Le premier est nettement distinct de celui du Pouillot d’Ijima au niveau des variations de fréquence, de la durée des notes et de la structure des syllabes : il est globalement plus simple et moins variable, et les sonogrammes montrent que peu de syllabes sont réellement partagées avec celles du Pouillot d’Ijima, et il joue probablement un rôle clé dans la reconnaissance intraspécifique. 

Per Alström, l’un des auteurs de l’article, explique : « cette nouvelle espèce est quelque peu énigmatique et difficile à définir. Physiquement, elle ne diffère pas du Pouillot d’Ijima, et ce sont les analyses d’ADN et les différences de chant qui ont démontré qu’il s’agissait d’une espèce distincte ».

Le Pouillot des Tokara se reproduit dansles forêts subtropicales denses de plusieurs des douze petites îles volcaniques des Tokara (leur superficie totale est d’un peu plus de 100 kilomètres carrés), souvent dans la végétation basse et moyenne, où il est menacé par les espèces invasives (fouines et chèvres domestiques) et la modification de son habitat. Par ailleurs, les analyses ont révélé que sa diversité génétique était réduite. 

Les populations des Pouillots d’Ijima et des Tokara sont faibles (moins de 10 000 individus chacune) et en déclin, même si elles semblent montrer des signes de rétablissement depuis le début des années 2000. Le Pouillot d’Ijima est déjà classée comme vulnérable par l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) et est protégée en tant que « Monument naturel » au Japon. Sur la base de ces données et selon les critères de l’Union International pour la Conservation de la Nature, le Pouillot des Tokara devrait aussi être considéré comme vulnérable. 

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