L'assèchement des zones humides de la Grande Prairie nord-américaine aura des effets négatifs sur les effectifs de Fuligules à tête noire (Aythya affinis) Photo : Christophe Mercier

Le changement climatique provoque également des changements négatifs, voir des distributions de certains habitats naturels cruciaux pour certaines espèces.
En Amérique du Nord, des milliers de dépressions glaciaires (appelées "potholes"), constituant autant de zones humides, réparties à travers les états du Dakota du Nord, du Dakota du sud, du Minnesota, du Manitoba, de l'Alberta et du Saskatchewan sont menacés par la sécheresse, la température de cette zone ayant augmenté de 1° à 3°C au cours des 100 dernières années. Or ces habitats constituent des zones vitales pour la reproduction de nombreux canards.
Le National Assessment Synthesis Team estime ainsi qu'en 2060, les deux tiers de ces étangs et tourbières auront disparu, et que les effectifs de canards auront diminué de 50%.
Toutefois, des actions communes de protection des habitats et de suivi des oiseaux aquatiques sont menées par les agriculteurs et les associations de protection de la nature.
La montée du niveau des eaux engendrée par la hausse des températures pourraient par ailleurs engloutir des zones humides côtières importantes pour les limicoles et autres migrateurs (même si probablement de nouvelles se créeront en amont, sur la nouvelle ligne côtière).
La désertification devrait augmenter la surface des zones désertiques, rendant les voies de migration les traversant plus difficiles.

La transformation de la toundra pénalisera la reproduction d'échassiers comme le Bécasseau sanderling (Calidris alba) Photo : Aurélien Audevard

Dans la toundra de l'Arctique, on estime que le changement climatique va causer un déclin important des populations d'oiseaux aquatiques nicheurs, dont les aires de répartition vont se réduire. La toundra va se transformer, devenant moins favorable pour certaines espèces.
Une étude récente a montré que de 15 à 37% des espèces pourraient disparaître d'ici à 2050, les espèces les plus sensibles étant celles très dépendantes d'un habitat ou dont les aires de répartition sont petites, par exemple les oiseaux endémiques des îles océaniques.
Afin de mieux réagir, Birdlife International a d'ores et déjà élaboré des scenarios d'évolution probable d'aires de répartition d'espècesà surveiller comme le Bruant de Worthen (Spizella worthen) nichant sur les zones buissonneuses désertiques côtières du nord-est au Mexique, le Bécasseau violet (Calidris maritima) dans la toundra arctique, la Sentinelle du Cap (Macronyx capensis ) dans les prairies d'altitude en Afrique du Sud, ou plusieurs espèces endémiques des montagnes d'Australie.

L'impact sur les oiseaux marins

Le réchauffement climatique semble aussi avoir des effets négatifs sur les colonies d'oiseaux marins. Des biologistes de PRBO Conservation Science qui ont étudié les colonies de Stariques de Cassin (Ptychoramphus aleuticus) des îles Farallon au large de la Californie ont noté qu'outre un déclin de cette espèce au cours des 30 dernières années (100 000 oiseaux en 1972, 30 000 en 1989), la date de ponte du premier œuf était devenue très tardive, avec en 2005 le premier œuf déposé seulement au début du mois de mai. Mais le pire est que les stariques ont finalement abandonné leurs œufs à la fin du mois … certains oiseaux ont tenté une deuxième tentative en été, mais elle a échoué. Les biologistes pensent que la cause immédiate de cet échec est une réduction de la disponibilité en nourriture, en particulier en krill (petits crustacés), suite probablement à des changements des courants marins et à un réchauffement des eaux.
Il faut savoir que si les océans ont un rôle régulateur du climat des terres immergées, le changement climatique a des effets brusques sur les températures des eaux. Des chercheurs ont par exemple constaté que la péninsule antarctique était l'endroit de la Terre qui se réchauffait le plus vite, du fait de modifications de la température des eaux l'entourant.

Le Manchot empereur (Aptenodytes forsteri) souffre du réchauffement des eaux de l'Antarctique Photo : Guillaume Bouteloup

La diminution de la banquise a eu des effets sévères sur les populations de Manchots empereurs (Aptenodytes forsteri) et Adélie (Pygoscelis adeliae) qui se nourrissent en grande partie de krill : leurs populations ont chuté respectivement de 50 et 33%. Les oiseaux doivent nager de plus en plus loin des colonies pour trouver de la nourriture pour leurs petits, et six des plus grandes colonies de Manchots Adélie ont déjà été abandonnées; mais on note en contrepartie que le nombre de Manchots à jugulaire (Pygoscelis antarctica) a augmenté, ce qui montre qu'il y a bien une " redistribution des cartes " entre espèces.
Le nombre de Manchots des Galapagos (Spheniscus mendiculus) a diminué de moitié depuis le début des années 1970 dans les îles Galapagos. Pour la WWF, un manque de nourriture attribuable au phénomène El Nino les empêche de se reproduire. La modification de ce phénomène pourrait être relié aux changements de trajets des courants marins.
Des dizaines de milliers d'oiseaux marins nichant sur la côte nord de la Grande-Bretagne ne sont pas parvenus à se reproduire en 2004, également par manque de nourriture; des changements à grande échelle de l'écosystème de la Mer du Nord, en relation avec l'augmentation de sa température moyenne (mais aussi bien sûr aux effets de la pêche commerciale) seraient les responsables.