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Des oiseaux touchés par le virus Usutu en Europe : situation et conseils

Depuis le début de l'année 2018, et surtout cet été, de nombreux Merles noirs malades et morts ont été signalés dans plusieurs pays d'Europe, dont la France.

| Validé par le comité de lecture

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Des oiseaux touchés par le virus Usutu en Europe : situation et conseils

L'un des Merles noirs (Turdus merula) trouvés morts dans le parc naturel régional du Gâtinais (Essonne) en août 2018 : ils étaient peut-être infectés par le virus Usutu.
Source : page Twitter de Mélina Gallopin

L'été 2018 a été rude pour les oiseaux d'Europe de l'Ouest : ils ont dû supporter des températures élevées et une sécheresse qui ont réduit leurs ressources en eau et en nourriture, et certains ont dû faire face à la propagation du virus émergent Usutu, originaire d'Afrique australe et transmis par les moustiques. Il touche particulièrement les passereaux et en particulier le Merle noir (Turdus merula). Les individus malades sont affaiblis et bougent peu ou semblent désorientés, et ils meurent généralement en quelques jours. Des autopsies ont permis de révéler des lésions sur plusieurs organes, notamment le foie et la rate.
La chaleur, qui favorise la multiplication des moustiques, semble contribuer au développement de cette infection virale. L'Europe de l'Ouest avait déjà connu une épizootie en 2016, mais le nombre de cas a encore augmenté en 2017 et en 2018, deux années au cours desquelles les étés ont été particulièrement chauds.
Après une présentation du virus Usutu, nous évoquons son développement en Europe, les espèces les plus touchées, les symptômes et les gestes utiles.

Abstract

In 2018, the summer was difficult for the birds of Western Europe: they had to deal with high temperatures and drought that have reduced their water and food resources, but also they had to face the emerging Usutu virus, which comes from Southern Africa and which is transmitted by mosquitoes. This agent affects mainly passerines, and in particular Blackbirds (Turdus merula). Ill birds are weak, prostrated and seem disoriented, and they usually die in a few days. Autopsies have revealed lesions in several organs, including the liver and the spleen.
Warm temperatures, which promote the multiplication of mosquitoes, seem to contribute to the development of this viral disease. An epizootic broke out in Europe in 2016, but the number of cases have increased in 2017 and 2018, two years during which summers were particularly hot.
After a presentation of the Usutu virus, we speak about its development in Europe, the most affected bird species, the symptoms and the things to do.

Présentation du virus Usutu

Moustique du genre Culex

En Europe, les moustiques du genre Culex sont les principaux vecteurs du virus Usutu.
Photographie : Alvesgaspar / Wikimedia Commons

Le virus Usutu a été découvert en 1959 dans la vallée de la rivière Usutu au Swaziland, en Afrique australe. Il a par la suite été isolé dans plusieurs pays africains (République Centrafricaine, Sénégal, Burkina Faso, Côte-d’Ivoire, Nigeria, Ouganda et Tunisie). C'est un arbovirus (= qui se propage via les arthropodes, en l’occurrence les moustiques) qui appartient au genre Flavivirus, qui compte plus de 70 espèces, dont les virus de la fièvre du Nil occidental ("West-Nile"), de la dengue, de la fièvre jaune, du Zika et de l’encéphalite japonaise.
Les moustiques de différentes espèces ornithophiles (il a été détecté chez Aedes albopictus, Aedes caspius, Anopheles maculipennis, Culex quinquefasciatus, Culex perexiguus, Culex perfuscus, Culex pipiens, Coquillettidia aurites et Mansonia aricana) sont les vecteurs, et les oiseaux (et dans une moindre mesure les chauves-souris) sont les réservoirs. Il est génétiquement et antigéniquement proche du virus du Nil occidental, qui a décimé des milliers d’oiseaux en Amérique du Nord après son arrivée sur ce continent en 1999, et qui avait provoqué quelques cas cliniques chez les humains et les chevaux dans le sud de la France.
En Camargue (Bouches-du-Rhône), les chercheurs du Cirad l’ont détecté chez Culex pipiens. Les oiseaux malades ou morts sont essentiellement trouvés de mai à novembre, et surtout de juin à septembre, car les moustiques sont alors plus nombreux et plus actifs. On a constaté en Allemagne que le nombre de cas signalés avait fortement augmenté lors des vagues de chaleur de 2017 et de 2018. Durant la période hivernale, les moustiques sont en période de repos (ou diapause) et le risque diminue. Il est possible que le réchauffement climatique, qui permet à une plus grande proportion de larves qu’auparavant de survivre à l’hiver européen, favorise désormais la persistance du virus sur notre continent. D'autre part, la multiplication des endroits où l’eau peut stagner (petits détritus, encombrants, pneus usagés, déchets verts...) constitue une source potentielle de sites d'hivernage et de développement des larves.
Le virus Usutu peut toucher le système neurologique des oiseaux et provoquer leur mort. Il est tout à fait exceptionnel chez les mammifères et il n'est pas considéré comme présentant une menace grave pour la santé humaine.

La présence du virus Usutu en Europe

Le virus aurait été détecté pour la première fois sur le continent européen en Espagne dans les années 1990. En 1996, le virus a été découvert en Italie suite à une forte mortalité chez le Merle noir (Turdus merula). Par la suite, il a été responsable d'épizooties chez plusieurs passereaux (merles, mésanges, pies...) et des Chouettes lapones (Strix nebulosa) dans différents pays : Autriche (première détection en 2001), Belgique, République Tchèque, Croatie, France, Allemagne, Hongrie, Italie, Espagne, Suisse, Pays-Bas...
La présence du virus en France a été suspectée entre novembre 2009 et décembre 2010 en Camargue (Bouches-du-Rhône) suite à la découverte de traces sérologiques chez des Pies bavardes. Une mortalité importante de passereaux dans le Haut-Rhin et dans le Rhône en 2015 a permis d’identifier pour la première fois avec certitude le virus en France.
Des analyses génétiques suggèrent que les souches européennes du virus Usutu proviennent d’Afrique, certainement via les oiseaux migrateurs. Des analyses rétrospectives ont par ailleurs permis de déterminer qu’il y aurait eu au moins trois introductions virales sur notre continent le long des couloirs migratoires en provenance d’Afrique. Les espèces nichant dans nos régions et hivernant en Afrique sont certainement en contact avec cet agent pathogène depuis très longtemps, et elles ont probablement développé une immunité qui limite la mortalité aux individus les plus faibles (immunodéprimés par exemple).



Chouette lapone (Strix nebulosa) captive probablement infectée par le virus Usutu aux Pays-Bas durant l'été 2017 : elle a survécu après des soins intensifs, mais près de 60 Chouettes lapones sont mortes en 2016 en Europe.
Vidéo : Alert hondentraining, diertraining, animaltraining

Les espèces d'oiseaux touchées en Europe

Jeune Merle noir (Turdus merula) probablement infecté

Jeune Merle noir (Turdus merula) probablement infecté, Farges-lès-Mâcon, Saône-et-Loire (France), le 20/08/2018.
Photographie : Marjo Charbonnier

Jusqu'à présent, le virus Usutu a été diagnostiqué chez une centaine d'espèces d'oiseaux, dans la nature et en captivité. Les strigidés (chouettes, hiboux) et surtout les passereaux semblent être les plus touchés. En Europe, il a été découvert par exemple chez le Bouvreuil pivoine (Pyrrhula pyrrhula), le Pic épeiche (Dendrocopos major), les mésanges, le Moineau domestique (Passer domesticus), le Rougegorge familier (Erithacus rubecula), l'Étourneau sansonnet (Sturnus vulgaris)  la Pie bavarde (Pica pica) et surtout le Merle noir (Turdus merula), qui semble être la principale victime. Toutefois, cette proportion importante pourrait peut-être être liée au fait que cette espèce vit à proximité des humains et qu'il est donc plus facile de trouver des individus malades ou morts.
Les éleveurs et les zoos ont davantage tendance à faire autopsier leurs oiseaux morts que les naturalistes trouvant une dépouille sur le terrain, ce qui pourrait expliquer la fréquence relativement élevée d'oiseaux captifs touchés par le virus Usutu.
Les données disponibles actuellement ne montrent pas d’infection clinique chez les volailles.

Comment repérer un oiseau "suspect" ?

Le virus Usutu est associé à des épisodes de mortalités isolées ou groupées, principalement chez les passereaux et les chouettes. Les symptômes sont divers mais ne sont pas vraiment spécifiques : plumage ébouriffé, perte de plumes sur le cou, yeux fermés complètement ou partiellement, faiblesse, prostration, désorientation, problème de coordination motrice et perte de poids. Des troubles nerveux centraux peuvent également être notés.
Les oiseaux atteints meurent généralement en quelques jours. Les autopsies ont révélé que les organes étaient généralement congestionnés, avec des foyers de nécroses, de lésions (cœur, foie, reins, rate et cerveau) et de gliose, ainsi que des infiltrats inflammatoires surtout constitués de cellules lymphoïdes et d’histiocytes. Du point de vue macroscopique, on note une splénomégalie (augmentation du volume de la rate) et une hépatomégalie (augmentation du volume du foie).



Merle noir (Turdus merula) probablement infecté par le virus Usutu aux Pays-Bas en juillet 2017 : notez le comportement apathique.
Vidéo : Opeengegevenmoment



L'épizootie de 2016

Durant l'été 2016, une épizootie d'Usutu a touché des oiseaux européens, principalement des Merles noirs (plusieurs centaines de cadavres trouvés). Près de 60 Chouettes lapones (Strix nebulosa) captives sont mortes cette année en Europe. Cette infection a notamment concerné les Pays-Bas, l'Allemagne, la Belgique, la France.
Aux Pays-Bas, l'épizootie a débuté en août dans les provinces de Gueldre, d'Utrecht et du Brabant septentrional, provoquant une nette augmentation de la mortalité chez le Merle noir. En Allemagne, 600 Merles noirs morts ont été collectés. En Belgique, l'épizootie a essentiellement touché le nord-est du pays. Une réémergence du virus a été notée en France en juillet-août, et il a été isolé dans cinq départements (Haut-Rhin, Haute-Vienne, Moselle, Rhône et Loire).

Une augmentation des cas en 2018

Merles noirs (Tudus merula) morts

Merles noirs (Turdus merula) trouvés morts près de Hambourg (Allemagne) en août 2018 : le virus Usutu a été détecté chez plusieurs d'entre eux.
Source  : page Twitter de Renke Lünken

En Allemagne, l'association NABU avait recensé 1 380 cas suspects (principalement des Merles noirs) en 2017, contre 10 000 (principalement des Merles noirs) depuis le début de l'année 2018 ! Dans les environs de Nuremberg (Bavière) par exemple, 55 cas suspects ont été signalés cet été au Landesbund für Vogelschutz dans la région de Nuremberg (Bavière), et le virus Usutu a été détecté chez au moins quatre oiseaux : deux Merles noirs, une Sittelle torchepot (Sitta europae) et une Chouette lapone.
Aux Pays-Bas, le nombre de cas a nettement augmenté cette année : plus de 1 500 cadavres ont été recensés dans le pays depuis le mois d'avril par l'association Sovon et le DWHC (Dutch Wildlife  Health  Center). Entre la dernière semaine de juillet et de la première semaine d'août 2018, 14 cadavres de Merles noirs ont été examinés par ces deux organismes, et le virus a été trouvé chez 13 d'entre eux.
En Suisse, le Centre de médecine des poissons et des animaux sauvages de l'Université de Berne a indiqué que depuis le début de l'année 2018, 25 oiseaux, dont 21 Merles noirs, avaient été analysés, et la présence du virus a été confirmée chez les premiers individus étudiés. Depuis le début du mois d'août, des cas suspects sont reçus chaque semaine par cet organisme.  
La situation est également préoccupante en Belgique.
En France, le réseau SAGIR a annoncé avoir enregistré une mortalité anormale de Merles noirs dans différents départements, et le virus Usutu a été trouvé chez plusieurs oiseaux. La Ligue pour la Protection des Oiseaux a reçu des alertes en provenance de plusieurs régions.
Sur sa page Twitter, Mélina Gallopin a annoncé le 22 août avoir trouvé un nombre anomal d'oiseaux morts dans le parc naturel régional du Gâtinais (Essonne).

Plusieurs données transmises sur notre page Facebook

Jeune Merle noir (Turdus merula) probablement infecté

Jeune Merle noir (Turdus merula) probablement infecté, Indre-et-Loire (France), le 08/08/2018.
Photographie : SB

Sur notre page Facebook, plusieurs visiteurs nous ont transmis des cas de Merle noirs affaiblis ou morts de façon "suspecte" :

  • un chercheur de l'Inserm Montpellier(Hérault) nous a informé que des Merles noirs morts avaient été signalés en Normandie et dans le Nord durant la semaine du 20/08;
  • cinq Merles noirs ont été ramassés morts dans un jardin à Rully (Oise) le 6 août;
  • un cadavre de Merle noir trouvé à Saint-Mathieu (Haute-Vienne) le 29 août;
  • plusieurs cadavres de Merles noirs trouvés dans le secteur de Neauphle-le-Château (Yvelines) en août;
  • quatre Merles noirs trouvés morts dans un jardin du Poitou-Charentes le 30/08;
  • deux merles morts trouvés dans un jardin de Meurthe-et-Moselle courant août;
  • disparition apparente des Merles noirs près de Hambourg (Allemagne);
  • trois Merles noirs morts à Fleurbaix (Pas-de-Calais) le 15 août;
  • deux Merles noirs  morts dans un jardin à Feignies (Nord) en août;
  • un Merle noir avec la tête déplumée se "traînait péniblement" et s'est fait attraper par un chat dans le département du Nord;
  • un Merle noir affaibli trouvé près de Bapaume (Nord) durant l'été 2018;
  • quatre Merles noirs trouvés morts en 24 heures à Cambrai (Nord) en août 2018;
  • un Merle noir trouvé mort à Aire-sur-la-Lys (Pas de Calais);
  • un Merle noir mâle est mort le 27/08 sous une fenêtre dans le Jura.

Quel impact possible sur le Merle noir en Europe ?

Il est encore difficile d'estimer précisément quel sera l’effet du virus Usutu sur les populations d'oiseaux en Europe, mais il pourrait avoir un impact important sur certaines espèces de passereaux, en particulier sur le Merle noir. Les rapaces nocturnes pourraient aussi être concernés. Aux Pays-Bas, l'association Sovon et le DWHC, effectuent un suivi des oiseaux touchés par le virus Usutu, et ils ont constaté dans ce pays une baisse sensible (jusqu'à -21 %) des populations de Merles noirs dans les régions touchées depuis 2012.
En 2017 et en 2018, le Merle noir n'était plus que la cinquième espèce la plus commune dans les jardins néerlandais, alors qu'il occupait la troisième place en 2012. Entre 2017 et 2018, le nombre de merles aurait baissé de 15 % dans certaines municipalités néerlandaises. 

Quel impact chez l'Homme ?

Dans quelques cas rares, le virus Usutu a été transmis à l’Homme par des moustiques. Le premier cas d'infection humaine a été rapporté dans les années 1980 en République centrafricaine et le deuxième au Burkina Faso en 2004. Ces premiers patients n'ont présenté que des symptômes peu graves : éruption cutanée, fièvre et légère atteinte au foie.
Le virus a été identifié pour la première fois sur des humains sur le continent européen en 2009 chez deux patients  italiens qui présentaient une immunodépression et étaient atteints de méningo-encéphalite. Seuls 28 cas d’infections humaines ont été rapportés en Europe au cours des dix dernières années : aucun décès n'est à déplorer, mais certains malades ont souffert d'atteintes neurologiques sévères. Ce chiffre serait toutefois largement sous-estimé du fait de l'absence de tests de détection et de la méconnaissance générale des symptômes associés.
En France, le virus a été identifié chez un patient de 39 ans hospitalisé en 2016 à Montpellier (Hérault) : il présentait une paralysie faciale temporaire que la médecine n'arrivait pas à relier à une maladie précise, et après analyse du liquide céphalo-rachidien, il s'est avéré qu'il était touché par Usutu.

Que faire si vous trouvez des oiseaux "suspects" ?

Merle noir (Tudus merula) infecté

Merle noir (Turdus merula) probablement atteint par le virus Usutu aux Pays-Bas en août 2018.
Source  : page Twitter de Sovon Vogelonderzoek

Il n'est malheureusement pas possible de vacciner les oiseaux sauvages, mais il est important de rassembler le maximum de données afin de mieux comprendre cette maladie virale et en évaluer les conséquences. Vous pouvez signaler la découverte d'oiseaux morts à différents organismes, comme le Réseau de Surveillance sanitaire de la Faune Sauvage en Belgique, l'association Sovon et le DWHC aux Pays-Bas, la NABU en Allemagne (via un formulaire) ou le réseau SAGIR en France.
Il faut communiquer à chaque fois le maximum d'informations, dont le lieu et la date de la découverte, et si possible des photos.
Vous pouvez aussi envoyer les cadavres pour un examen en laboratoire. Comme toujours, la prudence s'impose devant un oiseau malade ou affaibli, et il vaut mieux éviter de le toucher à mains nues (lire Que faire si l'on trouve un oiseau mort ?). Les analyses ne peuvent se faire que sur des oiseaux morts depuis moins de 48 heures : si vous trouvez un oiseau "suspect", placez-le au frais ou au congélateur dans un sac congélation et contactez les services concernés.
Pour mieux connaître l'ampleur du phénomène, vous pouvez transmettre vos observations sur les sites web collaboratifs (du réseau Visionature par exemple) en précisant la cause possible de la mortalité ("maladie/parasite").  
Il est possible de prévenir la propagation du virus en éliminant les endroits où l’eau peut stagner : petits détritus, encombrants, pneus usagés, déchets verts... Changez l’eau des plantes et des fleurs une fois par semaine, et si possible supprimez les soucoupes des pots de fleurs ou remplacez l’eau des vases par du sable humide. Vérifiez le bon écoulement des eaux de pluie et des eaux usées et nettoyez régulièrement gouttières, regards, caniveaux et drainage. Couvrez les réservoirs d’eau (bidons d’eau, citernes, bassins) avec un voile moustiquaire ou un simple tissu, et évacuez l’eau des bâches.

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      La page de contacts du réseau SAGIR (France) : www.oncfs.gouv.fr/Reseau-SAGIR-ru105

      Sources

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      Commentaires postés :

      lemmar

      7 novembre 2018 : Vallée de Chevreuse (78) Pas un merle cet automne

      08/11/2018

      Répondre

      Elios

      Bonjour

      tous les merles de mon jardins sont morts cet été: payage sonore bien morne et triste désormais =

      07/10/2018

      Répondre

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